Архив Московской епархии Русской православной церкви хранит документы, связанные с историей приходов, духовенства и церковного управления Москвы и Московской области. В отличие от государственных архивов, это ведомственный (церковный) архив, подчинённый епархиальному управлению, и его фонды дополняют, а не заменяют материалы государственных архивов — прежде всего Центрального государственного архива Москвы (ЦГАМ), куда были переданы на хранение подлинники большинства метрических книг после 1918 года.

Главный генеалогический источник епархиального архива — клировые ведомости: ежегодные отчёты по каждому приходу о составе причта (священник, диакон, псаломщик, дьячок, пономарь) с указанием возраста, образования, времени рукоположения, наград, а часто и сведений о жёнах и детях духовных лиц. Это ключевой источник для тех, кто ищет предков именно из духовного сословия — по клировым ведомостям можно восстановить служебный путь священнослужителя по нескольким приходам.

Метрические выписки — заверенные копии или извлечения из метрических книг, которые могли делаться по запросам прихожан ещё в дореволюционное время (например, для оформления документов) и осели в архиве консистории или епархии, а не в самом приходе. Такие выписки иногда сохраняют сведения по приходам, чьи подлинные метрические книги были утрачены.

Фонды охватывают период с XVIII века — эпоху, когда клировые ведомости стали регулярной отчётной формой, — до наших дней. Историческая Московская епархия включала не только город Москву, но и значительную часть современной Московской области — уездные и заштатные города, крупные сёла с приходами; при поиске стоит учитывать, что современное деление на Московскую городскую и Московскую областную епархии сложилось значительно позже интересующего генеалога периода.

Запросы в архив епархии обычно направляются через епархиальное управление или канцелярию с указанием имени священно- или церковнослужителя, прихода и приблизительных лет службы. Поскольку речь идёт о церковном, а не государственном учреждении, порядок и условия работы, включая возможную плату за архивную справку, определяются внутренними правилами епархии, а не законодательством об архивном деле в чистом виде — это стоит уточнять непосредственно у архива.

Ведомственные церковные архивы, как правило, не имеют развитого открытого читального зала по образцу государственных архивов, и работа чаще строится через переписку и официальные запросы. Для массового поиска по метрическим книгам конкретных приходов Москвы эффективнее в первую очередь обращаться в ЦГАМ, где сосредоточен основной массив подлинных метрик, а в епархиальный архив — прицельно по вопросам, касающимся именно духовенства и внутрицерковного делопроизводства.

Если предок был священно- или церковнослужителем, начните с клировых ведомостей — по ним восстанавливается вся карьера от начала служения, включая переводы между приходами, что помогает при дальнейшем поиске метрик в нужных приходских фондах ЦГАМ. Полезно заранее выяснить исторический благочиннический округ прихода — в клировых ведомостях приходы группировались именно по благочиниям.

Основная сложность — разделение источников между двумя типами архивов: метрические книги как таковые в основном в ЦГАМ, а сведения о самих священнослужителях и их семьях — в епархиальном архиве и духовной консистории, материалы которой также частично осели в государственных фондах. Кроме того, границы благочиний и приходов менялись, а часть документов пострадала в советское время при закрытии храмов.